В 1913 году в России отмечалось 300-летие Дома Романовых. Празднества проводились с небывалым размахом. Служились молебны и сооружались памятные храмы.
20 июля 1914 года состоялись торжественный молебен и закладка часовни во имя святителя и чудотворца Николая на пересечении Николаевского (ныне Красный) проспекта и ул. Тобизеновской (ныне ул. М. Горького). Место под строительство было выделено городским управлением, отпустившим в кредит на строительство 50 тыс. штук кирпича, цемент и другие строительные материалы.
Часовня сооружалась на пожертвования верующих. Наиболее крупными жертвователями были M.Л. Вишняков, давший 25 тыс. штук кирпича, В.Н. Цевловский – 1 000 штук, З.М. Джурич – 1 000 пудов извести, Д.Е. Барабанов – железо на крышу, И.М. Некрасов – кресты на часовню.
Труды по устройству часовни взяли на себя председатель правления общества «Ясли» протоиерей Диомид Чернявский, городской голова А.Г. Беседин, купец Г.Д. Маштаков и начальница приюта «Ясли» М.В. Востокова. План и смета на постройку часовни составил архитектор А.Д. Крячков (об этом свидетельствует благодарность от приюта «Ясли» в адрес А.Д. Крячкова «за работы по проектированию часовни», обнаруженная сотрудником Государственного архива Новосибирской области И.В. Самариным в фондах Новосибирского краеведческого музея). Наблюдение за строительством осуществлял архитектор Ф.Ф. Рамман.
27 октября 1915 года был подписан акт приемки здания часовни. Ко дню освящения епископ Томский и Алтайский Анатолий (Каменский) прислал в дар часовне икону святителя Николая. 6 декабря 1915 года икону внесли в часовню. Затем состоялось освящение новосооруженной часовни. Часовню обслуживал иеромонах Алексий. В 1919 году Никольская часовня получила статус самостоятельного прихода; настоятелем был назначен протоиерей Виталий Мальгинов.
9 октября 1929 года состоялось заседание Новосибирского окрисполкома, на котором, «учитывая пожелания трудящихся масс и считаясь с благоустройством города», было одобрено постановление горсовета о сносе часовни. 29 января 1930 года часовня была снесена.
В 1993, к 100-летию г. Новосибирска, часовня была восстановлена. Новый проект был выполнен новосибирским архитектором П.А. Чернобровцевым на основе данного проекта, а расписал часовню известный художник-монументалист А.С. Чернобровцев.
Восстановленная часовня несколько отличается от первоначального проекта 1914 года. Во–первых, часовня смещена на 40 м. вверх по Красному проспекту от пересечения с ул. М. Горького. Во-вторых, у часовни 1915 года постройки купол был медный, и к 1930 году окислился и покрылся патиной, имел черный оттенок. У современной же часовни купол покрыт сусальным золотом.
